NGS de-novo Assembler.
Im Keylab werden u.a. folgende Assembler eingesetzt:
- Geneious
- IDBA
- SOAP
- Trinity
Für den Vergleich von verschiedenen Assemblierungseffizienzen setzen wir u.a. folgende Tools ein:
- TransRate
- BUSCO
Assembly-Algorithmen setzen die meist kurzen Reads aus NGS-Projekten wieder zu längeren Sequenzen zusammen. Aus verschiedenen Gründen weisen die verfügbaren Algorithmen jedoch Unterschiede auf, die z.B. durch die unterschiedlichen Herangehensweisen der Entwickler bedingt sind. Folgende Publikationen haben verschiedene Assembler verglichen:
- Smith-Unna et al.; TransRate: reference-free quality assessment of de novo transcriptome assemblies, Genome Research, 2016, 26, 1134–1144. doi: 10.1101/gr.196469.115.
- Simao et al; BUSCO: assessing genome assembly and annotation completeness with single-copy orthologs, Bioinformatics, 2015, 31, 3210–3212. doi: 10.1093/bioinformatics/btv351.